在华润试图进入云南白药股份改革的过程中，华源集团一度是一个非常强有力的竞争对手。上世纪之交，三九集团也是一个在中国家喻户晓的明星级企业。曾经同是风光无限，却又同是盲目扩张，华源、三九悄然滑向债务危机的深渊。
而2005年的华润集团各项业务指标在2001年基础上翻了一番多，标志着四年前董事会提出的“再造华润”的战略目标已经提前一年得到实现。华润集团董事会再接再厉，又提出了“再造一个新华润”的战略目标，即以2005年为基数，用五年时间使主要业绩指标再翻一番。并购依然是华润快速占领行业制高点的有力武器，华源、三九恰好成为华润拿下医药产业的良机。
萃取华源
2005年9月16日，上海银行、浦发银行突然就华源集团不能归还到期贷款向法院提起诉讼。短短的十多天，华源集团母公司、核心企业资产、账户全部被查封冻结，华源系上市公司股票全线下跌，债务危机全面爆发，成为社会各界高度关注的一场大戏。
这是一家经国务院批准，于1992年在上海浦东新区成立的公司，是直属国务院国资委监管的重要骨干企业。2002年华源集团以11亿元收购了上海医药集团40%股份，2004年再以11.6亿元收购北京医药集团50%的股份，迅速发展成为中国最大的医药企业集团之一，同时，由于多元扩张，它也是当时中国最大的纺织企业集团之一。
从账面上看，华源已经拥有了近乎完美的医药产业链资源版图，但是作为这些资源的管理者本身，短时间内总负债快速膨胀，自身管理的混乱使已经债务缠身的企业无法自拔。资金链绷断、银行催债、资产冻结……华源四面楚歌。
面对华源的债务危机，刚刚成立两年的国务院国资委也深感棘手。在注资消债和资产平台公司托管的两种解决方案都被否决的情况下，国资委选择依托其他中央企业出面进行重组，最后确认的企业就是华润。国资委认为：第一，华润的实力强，资金没有问题；第二，和华源产业匹配比较好，都有医药和纺织；第三，华润有一支年轻的、非常职业化的团队，有一套较好的、先进的企业文化和管理理念，做事非常规矩；第四，华润现在所有的业务板块都是通过并购重组来的，在重组方面有经验。所以重组华源这个无比艰难的任务先后落到了当时华润的一批骨干经理人——乔世波、阎颷、魏斌和他们带领的“非常职业化”的团队身上。
2006年2月10日，华润向国资委报告了集团的意见：打造民族医药产业平台是重组华源的根本目的，华润愿意接受国资委委托，参与重组华源。2月16日下午，华源集团在虹桥迎宾馆召开了股东会、董事会，成立了华源集团管委会，代行董事会权利，并随即展开尽职调查。
接下这个火线任务的华润对整个华源资产进行了全面审计，一个真实的华源浮出水面：华源资产质量差，现金流严重不足，主要资产被多次抵押或质押，处于“五花大绑”的状态，银行信用已崩溃。这其中，上药年营业额达到200亿元，北药年营业额略超过100亿，两者净资产收益率均明显低于上市公司中综合医药的平均水平，而且华源医药最大缺陷在于其只持有上药40%股权和北药50%股权，对两家核心医药企业均未能实现控股。
有位华源领导对华润同事说，“华润拿50亿给华源就行了，剩下的事华源自己去摆平。”而华润评估组认为华源重组存在极大风险，整体重组的代价在100亿以上。“即使银行不收贷，华源集团也无法挺下去”，曾任华润医药集团副总裁的何志奇这样描述华源当时的状况。整体重组还是分拆重组，这是自华润托管华源以来便需要解决的重大课题。主张整体重组的观点认为，华源集团已经有了一定的品牌知名度和影响力，分拆重组有损整体价值，为华源注资整体盘活后，再逐渐清理非主营业务，可以避免出现大的动荡，减轻维稳压力，营造宽松的重组环境。主张分拆重组的观点则认为，华源集团除了医药业务有较好的市场价值外，其他业务对华润没有战略价值，且其财务价值也相对较差，大多不能产生正的现金流，对华源整体注资，难以改变华源业务质量，且重组成本难以估料，分拆重组可以避免资源浪费。
无论如何，医药业务是必须分拆的，这是北京、上海市政府的要求。从4月份起，管委会就着手与北京、上海市国资委沟通北药、上药股权增持和转让事宜，在不断接触谈判中，北京、上海市均表达了对华源的失望，提出了将北药、上药脱离华源系，并尽快归还股东欠款的要求。
管委会最终提出一个基于华源集团存续运行的、含有分拆方式的整体重组方案，其中对于医药板块有着长远的规划。医药板块分拆到华润后，通过深度整合，引入华润集团6S管理体系，进一步压缩企业层级，聚焦品牌中药、品牌化学普药、医药分销三大核心业务；调整研发策略，改变研发管理机制，集中研发非专利药；分步整合医药制造业务，实施营销统一、分线管理，建立以北京、上海为核心的华北、华东地区医药分销网络，从整体上提高上药集团、北药集团的盈利能力。同时，为了迅速打造中药、医药制造、医药分销三大业务管理平台，打造中国最具有竞争力的民族医药产业发展平台，建议国资委将部分其他央企医药资源一并纳入整合范围。
重组方案于2006年9月6日向国务院国资委提交。9月13日，国资委正式将所持华源集团的9.136%股权划转给华润集团，这标志着华润集团对华源由托管进入接管。
9月16日华润任命乔世波正式进驻华源重组，面对这个数字，乔世波自己都感到心惊：“填补华源的危机100亿远远不止，我们需要超过100亿去补这个洞，如果那样的话，很可能连华润都会卷入这个深渊里。”通过多方面的考虑，华润决定按照国资委确定的“出资人推动，市场化重组”原则，进行分拆重组，将非主营业务进行剥离，将医药和纺织两个主要板块的业务进行整合，这种重组方式体现了华润对国家、对所有债权人最负责任的态度。尽快解决上药、北药控股权问题，则是华源重组的核心任务。
上药集团无论是医药工业、批发还是零售的规模都比北药大，是当时中国最大的综合医药企业，是华润发展医药产业的最佳平台。因此，管委会优先推进上药重组，但当基本达成共识的时候，上海市方面发生人事变化，致使上药重组失败，错过了重组机会。
在进行上药股权重组谈判的同时，华润也同步推动着北药股权重组。为迈出实质性重组步伐，展示华润重组华源的决心和信心，2006年10月北药集团股权收购项目小组，果断推动收购北药50%股权。经几方谈判和风险评估，华润集团同意按20亿元交易对价，由华润股份有限公司受让北药50%股权。
2006年12月13日，华润股份和北京市国资委、北京市国资公司签署了股东协议，12月26日，北药股权转让完成工商变更手续，这是华源分拆重组打响的第一枪，也是决定性意义的一枪，这一枪实现了华润搭建医药产业平台的核心重组目标，意味着华润迅速拥有了打造医药产业平台的基础，迅速实现了在中成药、化学药、抗生素、医药商业、医疗器械等领域的布局。
在距正式接管华源只一个多月时间里，华润在完成北药重组的同时，还完成了上市公司清欠，并启动完成股改。国资委肯定了华润重组华源的能力和成绩，也肯定了市场化的重组方式，随之便决定继续支持华润，将三九集团重组交给华润。
三九归一
上世纪九十年代末，三九集团是一个在中国家喻户晓的明星级企业，其在中药OTC领域的成就一骑绝尘。但由于当时的三九管理者过于自信，在各种条件还不成熟的情况下，在医药主业之外盲目进行了多元化扩张，大规模涉足农业、旅游、食品、地产、酒业等多个行业。在跑马圈地疯狂并购了140多家企业后，短时间内迅速膨胀的体积反而带来了经营和管理的加速失败，导致1998年时三九负债率高达80%，逐步走向溃败。
2003年9月28日，《21世纪经济报道》一篇《98亿贷款：银行逼债三九集团》的报道，引爆了长期以来各方最为担心的“炸弹”，让一直在债务泥潭中苦苦挣扎的三九集团加速陷落。
一度风光无两的三九集团变得千夫所指，大厦将倾。
为让三九集团摆脱困境，保持企业和社会稳定，2004年7月，国务院国资委经过深入的研究，在征求财政部、银监会等相关部委意见后，报请国务院批准对三九集团进行资产债务重组。包括华润集团在内的五家企业成为三九重组者的候选人，并开始了一场长达3年的等待。因为包括各大银行在内，三九巨额债务的债权人多达23个，要敲定一个令各方接受的补偿方案何其艰难，不过也势在必行，因为重组投资者最关心的量化条件便基于此。
2007年3月，深圳已寒意尽去，春雨连绵。“999”标志性的巨大招牌依然默默伫立在罗湖区银湖路上，迎接着温暖季候的来临。
3月16日，国务院国资委正式通告，由华润集团作为三九集团重组的战略投资者。六天后，新三九控股有限公司注册成立。根据初步框架协议，华润集团将以新三九控股为依托，注入40亿元现金，启动对三九集团的全面重组，同时也要解决三九高达百亿元的负债总额。
对于华润来说，重组三九不仅仅是要帮助一个濒临倒闭的央企存活，而且希望重塑之后的三九药业成为集团“打造央企医药大平台”宏伟计划的重量级构成；同时，配合集团上下正在进行的“再造华润”计划，力争成为中国医药产业的航母级企业。所以，那时的华润人就已经做好准备，挽救危局只是三九重组路程的开始，远非最终结局。
在历来的国企重组中，“承债式重组”远比其他方式困难。而三九债务的复杂程度可以说是当时之最。
在三九集团重组中，分拆出来最具价值的资源主要是三九医药。让三九医药尽快摆脱债务危机并走向健康发展之路，是华润重组三九成败的关键。
自2001年因大股东占用被中国证监会通报批评，至2007年6月30日，非经营性资金占用数额高达37.4亿元，三九医药成为沪深两市当时被占用资金数额最大的上市公司。受巨额占用资金拖累，三九医药在重组前一直被列入“问题公司”，受到政府相关机构的严厉监管，成为最后35家未股改公司之一。
华润集团在第一时间推进三九医药清欠和股改。在三九债务重组协议生效后，华润立即支付重组款项44亿余元，协助三九集团实施对上市公司三九医药的清欠方案。经过反复沟通、协调，高达37亿元的清欠于2008年5月通过债务抵销及现金偿还方式完成。
现金的注入使得长期受资金不足影响的营销体系如同获得润滑剂一般，开始提高速度。投资者明显能够感受到，久违的三九医药产品重新频繁地出现在电视广告、终端陈列及促销上，也使得三九医药旗下成熟的OTC品种全年仍有十几个百分点的增长。
尤为重要的是，“清欠”的完成，为三九医药股改扫清了法律障碍。在2008年股票市场大幅下跌的背景下，华润经过与流通股东的反复协商，确定了参照市场平均对价水平的股改方案，并在2008年底经相关股东会议审议通过后顺利实施。
在正式入主三九半年内，华润成功化解了三九集团100多亿元债务危机。困在大股东占用资金和银行债务危机中的三九医药终于松绑，在2008年底如期完成股改，重新焕发生机。“清欠”和股改的完成，是上市公司在资本市场的转折点。2009年11月26日，三九医药股东大会批准公司更名为“华润三九医药股份有限公司”，股票简称更名为“华润三九”。
与三九的债务同样难以处理的，是三九庞杂的非医药资产处理和人员安置问题。根据国资委的要求和华润所遵循的理念，这些问题的处置原则是：必须确保净化主业，突出核心业务；尽可能做到国有资产保值增值；尽可能维护员工利益，使其不至于因重组受到较大的伤害。基于此，华润对三九集团的234家公司开始了抽丝剥茧般的处置工作。
这些公司横跨医药、酒店、食品、房地产、汽车、工程、印刷等七大产业，大部分资产及业务与华润主业并不契合且长期亏损。另外，三九集团在册员工2.2万人，其中非医药的员工有1.36万人。2010年，华润专门成立了华润资产管理有限公司，用于处置和管理华源重组和三九重组中的非核心资产。经过艰苦卓绝的努力，这些问题大部分得到妥善处理。
值得一提的是，成功重组三九对于华润进军医药领域意义不同寻常。2007年5月，在整合东阿阿胶、华源、三九医药资源的基础上，华润医药集团有限公司在香港正式成立，并持续对医药资产进行股权归集。
北药重构
2006年底，华源集团持有的北药集团50%股权纳入华润体系，形成了华润集团医药产业的重要基础，但因与北京国管中心分别持有北药集团50%股权，对北药集团共同控制，华润无法有效地影响公司经营发展。
2008年和2010年，华润医药集团向华润集团分别收购华润东阿56.62%股权、北京医药集团50%的股权，成为东阿阿胶股份有限公司实际控制人，华润双鹤也成为华润医药集团非全资附属公司。
为将北药集团的绝对控制权也收入囊中，华润集团需要增持北药股权。2010年4月2日，华润集团与北京市签署了《关于共同发展医药产业和微电子产业的战略合作框架协议》，双方的医药资源重组整合开始推进，华润医药的整体上市计划、打造国内生物医药产业龙头企业、形成完整医药产业链等等目标也均被提及。6月，国务院国资委和北京市国资委批准了将北药集团1%股权无偿划转至中国华润，这次股权划转后，中国华润直接持有北药集团1%股权，加上下属全资子公司华润股份间接持有从华源重组而来的北药集团50%股权，合计持有51%的股权，自此成为北药集团实际控制人。
华润医药集团再通过发行新股认购北京国管中心境外公司持有的北药集团49%股权，从而最终持有北药集团100%股权，同时形成华润医药集团由华润集团控股（股权比例为72%）、北京国管中心参股（股权比例为28%）的股权结构，搭建起了华润医药集团未来在香港上市的结构。
2011年10月，华润医药集团与北京医药集团的战略重组圆满完成，新一届董事会召开，标志着华润医药正式进入董事会治理的新阶段。此前，华润医药集团同北药集团在医疗器械制造、化学药和中成药生产以及医药流通领域存在很多同业竞争，在过去股权关系分割的情况下，双方业务难以形成协同关系，整合后产业互补，创造整合效益，提升了华润医药集团市场竞争力和行业地位，也初步实现了国资委提出的打造央企医药平台的要求及目标。2012年，通过股权归集，华润医药商业集团、华润紫竹、中国医药研究开发中心有限公司也成为华润医药集团全资附属公司。
北药重组的同时，2011年8月，华润医药确定了以利润中心为业务管理体系、总部七个职能线为职能管理体系组成的矩阵式管理架构，在华润集团的战略管控下，推动、指导和评价下属利润中心的业务开展。
2011年底的《华润医药集团战略规划与2012年商业计划》，对华润医药2012至2016年的发展战略进行了梳理。
其中“十二五”期间的华润医药要打造千亿元销售规模，在医药多个细分领域取得龙头地位，收购优质医药商业资源，构建全国性分销网络，增强在医药工业领域的并购力度。而三九要成为中国OTC市场的引领者,中药处方药市场的创新者；双鹤要打造“中国输液第一品牌”、“中国降压药第一品牌”、“中国降糖药第一品牌”；流通平台要成为最有价值的医药流通领军企业；东阿阿胶要成为滋补健康领导者。这当中，许多目标提前实现，2013年，华润医药集团总资产和总收入便突破1000亿港元。
华润医药的整合并未止步，2015年华润医药集团又完成以华润赛科100%股权注资华润双鹤的重大资产重组。在业务整合中，医药各板块不断明晰业务和产品定位，华润医药的工商业拼图逐渐壮大和完整。
